Во время правления Фёдора Алексеевича были проведены следующие ключевые реформы:
- Военно-окружная реформа: создание новых военно-административных округов («разрядов»).
- Отмена местничества (1682 г.).
- Введение подворного налогообложения (1679 г.), вместо посошного.
- Попытки реформирования приказной системы (создание Распорядной палаты).
- Проекты в области просвещения (замысел создания высшего учебного заведения).