На Горох

Биоинформатический анализ: использование базы данных NCBI, поиск последовательности хромосомы 21 крупного рогатого скота и изучение локуса Polled

Проект посвящён поиску и анализу геномных данных крупного рогатого скота в базе NCBI. На примере хромосомы 21 ученик познакомится с тем, как находить последовательность ДНК, сведения о генах и координаты участков генома. Отдельная задача — проверить, где расположен локус Polled, связанный с безрогостью. Важно учитывать, что этот локус относят к хромосоме 1, а не к хромосоме 21; поэтому проект включает сравнение этих участков и проверку сведений по научным базам. Результатом станет понятное описание поиска и вывод о том, почему важно указывать версию геномной сборки.

  • 13 разделов в структуре
  • 8 источников по ГОСТ
  • 5 задач проекта
  • Word + PPTX готовый файл и презентация
Гарантия уникальности Строго по ГОСТу Поддержка 24/7
Как создана эта работа

Не одна нейросеть, а команда ИИ‑агентов

Проект собирает мультиагентный конвейер из 6 ролей. Каждая отвечает за свой этап — от постановки цели до вёрстки файла — и работает с результатом предыдущей. Так получается цельная работа, а не набор ответов чат‑бота.

Оплатить 150 руб. 100 руб.
Паспорт проекта

Замысел, цель и задачи

Эти поля агент‑аналитик формирует до написания текста — по ним строится вся работа.

Идея

Использовать открытые данные NCBI, чтобы найти последовательность хромосомы 21 крупного рогатого скота и изучить расположенные на ней гены. Проверить, соответствует ли запрос о локусе Polled выбранной хромосоме, и объяснить обнаруженное несоответствие.

Продукт

Продуктом станет краткий иллюстрированный отчёт с описанием поиска в NCBI, сведениями о последовательности хромосомы 21 и примерами найденных генов. В отчёте будет показано, где расположен локус Polled и почему для его изучения нужно обратиться к другой хромосоме.

Проблема

При поиске генов по названию хромосомы можно ошибочно предположить, что интересующий локус находится именно на ней. Локус Polled связан с безрогостью у крупного рогатого скота, но его местоположение нужно проверять по геномным данным, а не определять только по формулировке задания.

Актуальность

Базы геномных данных позволяют школьнику работать с настоящими последовательностями ДНК и проверять сведения о генах. Умение сверять хромосому, координаты и версию сборки помогает избегать ошибок при изучении наследственных признаков.

Цель

Найти в NCBI последовательность хромосомы 21 крупного рогатого скота и изучить способы поиска генов на ней. Проверить расположение локуса Polled и сформулировать вывод о связи выбранной хромосомы с задачей проекта.

Целевая аудитория

Проект предназначен для учеников 10 класса, изучающих биологию и основы генетики. Он также подойдёт одноклассникам, которым интересно узнать, как исследователи используют геномные базы данных и проверяют информацию о наследственных признаках.

Задачи

  1. Найти в NCBI запись о геноме крупного рогатого скота и определить используемую геномную сборку.
  2. Получить последовательность хромосомы 21 и выяснить, в каком формате её можно сохранить.
  3. Найти примеры генов, расположенных на хромосоме 21, и записать их названия или координаты.
  4. Проверить по надёжным геномным источникам расположение локуса Polled.
  5. Сравнить полученные данные и подготовить вывод о том, почему важно точно указывать хромосому и сборку.

Ресурсы

Понадобятся компьютер с доступом в интернет, сайт NCBI, текстовый редактор, школьные знания по биологии и генетике, а также таблица для записи названий генов и координат.

Роли в проекте

Исследователь геномных данных

Ищет в NCBI записи о крупном рогатом скоте и нужной геномной сборке, получает последовательность хромосомы 21 и фиксирует идентификаторы, формат и координаты.

Аналитик генов и локуса

Находит сведения о генах хромосомы 21, отдельно проверяет положение локуса Polled и сопоставляет результаты поиска с данными выбранной геномной сборки.

Проверяющий источники и редактор

Сверяет факты с записями NCBI и другими надёжными материалами, следит за точностью терминов, оформляет результаты понятным для школьников языком.

Наименование образовательного учреждения

Проект

на тему

Биоинформатический анализ: использование базы данных NCBI, поиск последовательности хромосомы 21 крупного рогатого скота и изучение локуса Polled

Выполнил: ФИО

Руководитель: ФИО

Содержание

  • Введение 1
  • Ключевые понятия геномного анализа 2
  • Развитие и современное состояние геномики крупного рогатого скота 3
  • Геном Bos taurus и хромосома 21 4
  • Базы данных и инструменты поиска геномных сведений 5
  • Замысел отчёта и требования к продукту 6
  • План создания отчёта, ресурсы и инструменты 7
  • Поиск сборки и последовательности хромосомы 21 8
  • Подбор генов и проверка положения Polled 9
  • Апробация отчёта и проверка его понятности 10
  • Доработка и оценка готового продукта 11
  • Заключение 12
  • Список литературы 13

Введение

Содержимое раздела

Здесь объясняется, почему важно проверять геномные сведения по первичным базам, формулируются проблема ошибочной привязки локуса к хромосоме 21, цель, задачи и ожидаемый иллюстрированный отчёт.

Ключевые понятия геномного анализа

Содержимое раздела

Раскрываются понятия геномной сборки, хромосомы, нуклеотидной последовательности, координат гена, локуса и формата FASTA, необходимые для чтения записей NCBI и корректного описания результатов.

Развитие и современное состояние геномики крупного рогатого скота

Содержимое раздела

Кратко рассматривается развитие секвенирования генома крупного рогатого скота: от ранних карт и сборок до современных референсных последовательностей, а также обновление аннотаций в открытых базах данных.

Геном Bos taurus и хромосома 21

Содержимое раздела

Описываются особенности генома Bos taurus, назначение референсной сборки, структура записи хромосомы 21 и способы просмотра аннотированных генов; это задаёт биологический контекст для практического поиска.

Базы данных и инструменты поиска геномных сведений

Содержимое раздела

Сопоставляются инструменты NCBI Genome, Nucleotide и Gene, а также браузеры генома, показывающие последовательности, координаты и аннотации; обосновывается выбор NCBI как основы будущего отчёта.

Замысел отчёта и требования к продукту

Содержимое раздела

Формулируется замысел краткого иллюстрированного отчёта: он должен содержать сборку и идентификатор записи, способ получения FASTA, несколько генов с координатами и проверенное положение Polled.

План создания отчёта, ресурсы и инструменты

Содержимое раздела

Определяются последовательность действий, роли участников, интернет-ресурсы, компьютер, таблица фиксации данных и редактор; заранее задаются критерии точности ссылок, координат, подписей и понятности отчёта.

Поиск сборки и последовательности хромосомы 21

Содержимое раздела

Показывается изготовление отчёта на первом этапе: поиск записи Bos taurus в NCBI, выбор сборки, открытие хромосомы 21, фиксация accession, длины и координат, сохранение или описание формата FASTA.

Подбор генов и проверка положения Polled

Содержимое раздела

Описывается заполнение основной таблицы продукта: выбор примеров генов хромосомы 21, запись их названий и координат, затем отдельный поиск Polled и подтверждение его хромосомной локализации.

Апробация отчёта и проверка его понятности

Содержимое раздела

Проверяется готовый макет отчёта: можно ли по ссылкам повторить поиск, совпадают ли номера хромосом и координаты с выбранной сборкой, понятны ли таблица, иллюстрации и пояснение для десятиклассника.

Доработка и оценка готового продукта

Содержимое раздела

По итогам апробации исправляются неточные формулировки, дополняются подписи и ссылки, оценивается полнота продукта по критериям; фиксируется, как версия сборки влияет на сопоставление координат и вывод о Polled.

Заключение

Содержимое раздела

Подводятся итоги создания отчёта, соотносятся полученные данные с целью и задачами, формулируется ответ о расположении Polled и значении точного указания хромосомы, референсной сборки и записи базы данных.

Список литературы

Перечисляются использованные записи NCBI, страницы Genome, Gene и Nucleotide, сведения о геномной сборке и проверенные материалы о локусе Polled; для каждой позиции указываются название и дата обращения.

Источники, найденные для этой работы. В готовой работе они будут оформлены по ГОСТ и расставлены сносками в тексте.

  1. Which version of references genomes for Bos taurus do… — https://www.researchgate.net/post/Which_version_of_references_genomes_for_Bos_taurus_do_you_use_when_you_do_the_post-GWAS
  2. Информация об этой странице недоступна — http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AJJY01000062&display=fasta&download=fasta&filename=AJJY01000062.fasta
  3. Информация об этой странице недоступна — http://www-ncbi-nlm-nih-gov.ezp.slu.edu/pubmed/26437032
  4. Генетические аспекты комолости у овец (обзор) — https://cyberleninka.ru/article/n/geneticheskie-aspekty-komolosti-u-ovets-obzor
  5. Identification of Bos taurus and Bos grunniens based on SNP — https://journals.rcsi.science/0016-6758/article/view/285531
  6. FASTA sequence — https://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/db_images/getseq.cgi?code=c12usq_
  7. СОЗДАНИЕ ЭЛЕКТРОННОГО РЕСУРСА, ПРОЕКТА… — https://cyberleninka.ru/article/n/sozdanie-elektronnogo-resursa-proekta-ncbi-biosample-sekvenirovanie-genomov-rb49-podobnyh-bakteriofagov
  8. Формирование высокопродуктивного крупного рогатого… — https://www.dissercat.com/content/formirovanie-vysokoproduktivnogo-krupnogo-rogatogo-skota-s-ispolzovaniem-genotipirovaniya

Получи Такой Проект

До 90% уникальность
Готовый файл Word
15-30 страниц
Список источников по ГОСТ
Оформление по ГОСТ
Таблицы и схемы
Презентация

Создать Проект на любую тему за 5 минут

Создать

#6355726

Готовим вашу копию…
Похожие работы

Другие работы в разделе «Проекты»

Все работы раздела