Введение
Содержимое раздела
Здесь объясняется, почему важно проверять геномные сведения по первичным базам, формулируются проблема ошибочной привязки локуса к хромосоме 21, цель, задачи и ожидаемый иллюстрированный отчёт.
Ключевые понятия геномного анализа
Содержимое раздела
Раскрываются понятия геномной сборки, хромосомы, нуклеотидной последовательности, координат гена, локуса и формата FASTA, необходимые для чтения записей NCBI и корректного описания результатов.
Развитие и современное состояние геномики крупного рогатого скота
Содержимое раздела
Кратко рассматривается развитие секвенирования генома крупного рогатого скота: от ранних карт и сборок до современных референсных последовательностей, а также обновление аннотаций в открытых базах данных.
Геном Bos taurus и хромосома 21
Содержимое раздела
Описываются особенности генома Bos taurus, назначение референсной сборки, структура записи хромосомы 21 и способы просмотра аннотированных генов; это задаёт биологический контекст для практического поиска.
Базы данных и инструменты поиска геномных сведений
Содержимое раздела
Сопоставляются инструменты NCBI Genome, Nucleotide и Gene, а также браузеры генома, показывающие последовательности, координаты и аннотации; обосновывается выбор NCBI как основы будущего отчёта.
Замысел отчёта и требования к продукту
Содержимое раздела
Формулируется замысел краткого иллюстрированного отчёта: он должен содержать сборку и идентификатор записи, способ получения FASTA, несколько генов с координатами и проверенное положение Polled.
План создания отчёта, ресурсы и инструменты
Содержимое раздела
Определяются последовательность действий, роли участников, интернет-ресурсы, компьютер, таблица фиксации данных и редактор; заранее задаются критерии точности ссылок, координат, подписей и понятности отчёта.
Поиск сборки и последовательности хромосомы 21
Содержимое раздела
Показывается изготовление отчёта на первом этапе: поиск записи Bos taurus в NCBI, выбор сборки, открытие хромосомы 21, фиксация accession, длины и координат, сохранение или описание формата FASTA.
Подбор генов и проверка положения Polled
Содержимое раздела
Описывается заполнение основной таблицы продукта: выбор примеров генов хромосомы 21, запись их названий и координат, затем отдельный поиск Polled и подтверждение его хромосомной локализации.
Апробация отчёта и проверка его понятности
Содержимое раздела
Проверяется готовый макет отчёта: можно ли по ссылкам повторить поиск, совпадают ли номера хромосом и координаты с выбранной сборкой, понятны ли таблица, иллюстрации и пояснение для десятиклассника.
Доработка и оценка готового продукта
Содержимое раздела
По итогам апробации исправляются неточные формулировки, дополняются подписи и ссылки, оценивается полнота продукта по критериям; фиксируется, как версия сборки влияет на сопоставление координат и вывод о Polled.
Заключение
Содержимое раздела
Подводятся итоги создания отчёта, соотносятся полученные данные с целью и задачами, формулируется ответ о расположении Polled и значении точного указания хромосомы, референсной сборки и записи базы данных.
Список литературы
Перечисляются использованные записи NCBI, страницы Genome, Gene и Nucleotide, сведения о геномной сборке и проверенные материалы о локусе Polled; для каждой позиции указываются название и дата обращения.
Источники, найденные для этой работы. В готовой работе они будут оформлены по ГОСТ и расставлены сносками в тексте.
- Which version of references genomes for Bos taurus do… — https://www.researchgate.net/post/Which_version_of_references_genomes_for_Bos_taurus_do_you_use_when_you_do_the_post-GWAS
- Информация об этой странице недоступна — http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AJJY01000062&display=fasta&download=fasta&filename=AJJY01000062.fasta
- Информация об этой странице недоступна — http://www-ncbi-nlm-nih-gov.ezp.slu.edu/pubmed/26437032
- Генетические аспекты комолости у овец (обзор) — https://cyberleninka.ru/article/n/geneticheskie-aspekty-komolosti-u-ovets-obzor
- Identification of Bos taurus and Bos grunniens based on SNP — https://journals.rcsi.science/0016-6758/article/view/285531
- FASTA sequence — https://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/db_images/getseq.cgi?code=c12usq_
- СОЗДАНИЕ ЭЛЕКТРОННОГО РЕСУРСА, ПРОЕКТА… — https://cyberleninka.ru/article/n/sozdanie-elektronnogo-resursa-proekta-ncbi-biosample-sekvenirovanie-genomov-rb49-podobnyh-bakteriofagov
- Формирование высокопродуктивного крупного рогатого… — https://www.dissercat.com/content/formirovanie-vysokoproduktivnogo-krupnogo-rogatogo-skota-s-ispolzovaniem-genotipirovaniya