Необходимо ввести понятие генома и его важность для понимания биологии организма. Описать контекст de novo сборки генома: когда она необходима (отсутствие референсного генома, высокая изменчивость), и какие основные задачи решает. Кратко упомянуть историю развития методов сборки генома. Объяснить, что представляет собой процесс сборки de novo, в отличие от сборки с использованием референсного генома. Подчеркнуть актуальность данного направления в современной геномике и биотехнологии.

Развернуто описать основные этапы de novo сборки генома: подготовка библиотек ДНК, секвенирование, триммирование и фильтрация данных. Подробно разобрать методы сборки: Overlap-Layout-Consensus (OLC) и de Bruijn graph based assembly. Сравнить преимущества и недостатки каждого метода, указать на современные усовершенствования. Обсудить понятие k-mer и его роль в сборке на основе графов де Брюйна. Описать стратегии разрешения неоднозначностей, возникающих при сборке геномов с повторами, и алгоритмы длинного чтения. Привести примеры программных пакетов, используемых для de novo сборки (например, SPAdes, Canu, Flye).

Обобщить информацию о de novo сборке генома и ее значимости для современной биологии. Перечислить области применения: изучение новых видов, геномная медицина, эволюционная геномика, сельскохозяйственная биотехнология. Обсудить текущие вызовы и ограничения метода. Прогнозировать перспективы развития de novo сборки генома, в частности, с учетом развития технологий секвенирования нового поколения и разработки новых алгоритмов. Подчеркнуть роль интеграции различных подходов для получения наиболее полных и точных геномных карт.